פנימיית בית סנהדריה היא בראש ובראשונה בית טיפולי-מקצועי לילדים ונוער. ככזו, הפנימייה מציבה בראש יעדיה את הטיפול הרגשי-אישי המוענק לכל חניך וחניך במסירות ובמקצועיות ראשונה במעלה. הטיפולים הם מגוונים ומותאמים, ונעשים באמצעות אנשי מקצוע הטובים והמוכשרים בתחומם.
בבית סנהדריה, קיימת מערכת טיפולית משמעותית ומגוונת הכוללת פסיכולוג, פסיכיאטר, תרפיסטים, עובדים סוציאליים קליניים ומטפלים פרא-רפואיים. הצוות הטיפולי הרחב מקיים פגישות טיפוליות קבועות עם הילדים ברמות שונות: טיפול קבוצתי, טיפול פרטני-אינטנסיבי, ומפגשים לצורך הערכה ומעקב. העבודה הטיפולית נמצאת באחריותו של ראש הצוות הטיפולי, המנהל ישיבות צוות קבועות, הדרכות וסמינרים לכלל העובדים.
תכנית טיפולית נבנית לכל חניך בדיונים משותפים של כל הצוות הטיפולי בפנימייה, בהנחייתו ותחת אחריותו של ראש הצוות הטיפולי. התכנית תיכתב בידי העו"ס של המשפחתון המופקד והאחראי על ניתוב וארגון הטיפול בחניך, לאחר שהתגבשה בדיוני עומק עם אנשי הצוות הטיפולי המורחב בפנימייה, הכולל: פסיכולוג, עובד סוציאלי ועובדים טיפוליים, ותוך תיאום עם הצוות החינוכי של הפנימייה.
מטרת התכנית הטיפולית היא להגדיר לחניך, למטפלים ולמדריכים את היעדים המצופים אצל החניך אשר יגבירו את רווחתו הנפשית והאישית ויבטיחו את התפתחותו התקינה, על-כן היא תכלול יעדים להשגה בתחומים שונים, פירוט פעולות ושירותים מיוחדים שינקטו לצורך הצלחת התכנית, ובעיקר: לוח זמנים להשגת היעדים וקביעת דרכים לבדיקה ומעקב ביצוע. התכנית הטיפולית ב'בית סנהדריה', מתייחסת גם ליעדים שיקבעו בעבודה המשותפת עם הורי החניכים בשיחות ומפגשים עמם.
חשוב להדגיש שהתפיסה הטיפולית של הפנימייה היא תפיסה הוליסטית שאומרת שהטיפול הוא "טיפול פנימייתי", לא רק מפגש טיפולי אחת לשבוע שמתקיים בחדר הטיפולים, אלא צוות שחושב ועסוק בטיפול באופן קבוע.
המדריכים בפנימייה, בעלי אוריינטציה טיפולית, מקבלים הדרכה אחת לשבוע, מעו"ס הקבוצה.
אחת לשבועיים מתקיימת ישיבת עומק בכל פעם על חניך אחר בפנימייה.
לישיבה שותפים הצוות הישיר של החניך ובנוסף המנהל, רו"צ, והפסיכולוג.
המדריכים מרכזים את כל המידע הרלוונטי אודות החניך התורן בין היתר גם מהמסגרת הלימודית שלו. לאחר סקירה קצרה על הרמה התפקודית של הילד, מעלה הצוות דילמות שונות ביחס לילד ומתקיים שיח משותף כאשר בסופו נגזרת התוכנית הטיפולית הרלוונטית.
כל ילד בפנימייה פוגש איש טיפול אחת לשבוע למשך שעה. צוות הטיפול כולל: עו"ס קליני, פסיכולוג, ותרפיסטית באומנות. צוות הטיפול עצמו מקבל הדרכה על התהליך הטיפולי.
בנוסף מתקיימת אחת לשבועיים ישיבת צוות, ישיבה בה עולים נושאים שונים הקשורים לעבודה הטיפולית במרחב הפנימייתי כגון: עבודה עם הורים, סדר יום בראיה טיפולית וכו' במהלך השנה ישנם גם השתלמויות שונות בנושאים שונים הרלוונטיים לעבודה הטיפולית כגון: מוגנות, וויסות רגשי וכו'. השתלמויות אלו פעמים מועברים על ידי אנשי צוות מהפנימייה ופעמים על ידי מרצים מבחוץ.
לבד מהמטפלים עובדי הפנימייה, בבית סנהדריה ישנה אחות-מוסמכת המופקדת על כל הנדרש בהתנהלות מול רופאים בקהילה. מרופא המשפחה, ועד לרופאים מקצועיים, אורתודנט או אופטומטריסט. בנוסף, מתקיים קשר עקבי עם פסיכיאטר ילדים להערכה ולטיפול בילדים הנזקקים לכך.
בנוסף לטיפול האישי בחניכים, הצוות הטיפולי שותף בקביעת המדיניות של הפנימייה והמשפחתון, מעניק הדרכות ומנחה את הצוות הישיר בדרכי עבודה וייעוץ, ומשמש אוזן קשבת וכרויה לכל הצרכים העולים תוך כדי טיפול באוכלוסיית החניכים.