בית סנהדריה היא חלוצת הפנימיות החרדיות המפעילה את מודל המשפחתונים. במסגרתם, שוהים החניכים בקבוצות של עד 12 ילדים במודל הורי, כאשר המשפחתון מנוהל ע"י זוג הורי-בית נשואים החולקים עם החניכים יחידת מגורים אחת ומנהלים את ההשגחה והטיפול בחניכים מתוך מעורבות וקירבה יום-יומיים.
המשפחתון בבית סנהדריה, מהווה דגם של משפחה מלוכדת וסמכותית, המלווה את הילד לאורך כל שעות היממה ובכל ימות השנה. הילדים החיים במסגרת המשפחתונים חווים עם הורי-הבית את חוויית ה"משפחה", וקונים כלים להתמודדות עתידית עם חיי משפחה בריאים ויציבים.
יחד עם הכללים הקבועים לכל ילדי הפנימייה, לכל משפחתון מאפיינים ואופי ייחודיים, והוא מתנהל באופן עצמאי עם תוכנית ויעדים תואמים לקבוצת החניכים. בהתאמה, קיים בו חדר-אוכל קבוצתי ומועדון נפרד לפעילויות בשעות הפנאי.
